Refiz recentemente o novo tema do blog da Locaweb:

http://wbruno.com.br/2012/02/24/novo-tema-wordpress-em-html5-blog-da-locaweb/

Acabei deixando passar em branco, a funcionalidade dos comentários Reply, aparecerem logo abaixo do comentário pai deles. Em cadeia mesmo.

Ficando assim:

O que é bem ruim para organização, e confunde bastante a discussão. Eu não queria ter que instalar plugins de comentário apenas para isso.

Estudei um pouquinho o tema TwentyTeen, com a dica do @ThiagoCruz, e então:

É isso. Os códigos que adicionei estão abaixo:

function.php

if ( ! function_exists( 'parent_comment' ) ) :
/**
 * Template for comments and pingbacks.
 *
 * To override this walker in a child theme without modifying the comments template
 * simply create your own twentyten_comment(), and that function will be used instead.
 *
 * Used as a callback by wp_list_comments() for displaying the comments.
 *
 * @since Twenty Ten 1.0
 */
function parent_comment( $comment, $args, $depth ) {
	$GLOBALS['comment'] = $comment;
	switch ( $comment->comment_type ) :
		case '' :
	?>
		<li <?php comment_class(); ?> id="comment-<?php comment_ID() ?>"> <?php echo get_avatar( $comment, 32 ); ?>

			<cite><?php comment_text() ?></cite>

			<?php comment_type(_x('Comentário', 'noun'), __('Trackback'), __('Pingback')); ?>
			<?php _e('por'); ?>
			<?php comment_author_link() ?>
			—

			<time datetime="<?php echo $comment->comment_date; ?>">
				<?php comment_date() ?>
				@ <a href="#comment-<?php comment_ID() ?>">
				<?php comment_time() ?>
				</a>
			</time>
			<?php edit_comment_link(__("Editar"), ' | '); ?>

			<?php if ( $comment->comment_approved == '0' ) : ?>
				<em class="comment-awaiting-moderation"><?php _e( 'Your comment is awaiting moderation.' ); ?></em>
			<?php endif; ?>


			<?php comment_reply_link( array_merge( $args, array( 'depth' => $depth, 'max_depth' => $args['max_depth'] ) ) ); ?>
		</li>

	<?php
			break;
		case 'pingback'  :
		case 'trackback' :
	?>
	<li class="post pingback">
		<p><?php _e( 'Pingback:' ); ?> <?php comment_author_link(); ?><?php edit_comment_link( __( '(Edit)' ), ' ' ); ?></p>
	<?php
			break;
	endswitch;
}
endif;
?>

comments.php

<?php if ( have_comments() ) : ?>
	<ol id="commentlist">
		<?php wp_list_comments( array( 'callback' => 'parent_comment' ) ); ?>
	</ol>
<?php else : // If there are no comments yet ?>
	<p><?php _e('Nenhum comentário ainda.'); ?></p>
<?php endif; ?>

style.css

#commentlist .children { margin-left: 25px; }

Ahh, e sem se esquecer do novo input hidden, para o comentário reply saber quem é o pai dele:

comments.php ou comment_form() [caso vc não tenha personalizado o form]

<input type="hidden" name="comment_parent" id="comment_parent" value="<?php if( isset( $_GET['replytocom'] ) ) echo $_GET['replytocom']; ?>" />

=)